Genómica de oomicetos y patógenos
Genomas, repertorios de efectores y biología de la virulencia de patógenos vegetales, con énfasis en Phytophthora.
Sobre mí
Pablo Vargas Mejía
Genómica de plantas · Bioinformática · Patología molecular vegetal
Ayudo a grupos de investigación a convertir datos de secuenciación en resultados que pueden publicar, con el rigor de un colaborador académico y el enfoque de un especialista.
Concluí recientemente mi investigación doctoral en la UNAM sobre la epigenómica del oomiceto patógeno Phytophthora capsici, estudiando cómo cambia su panorama de metilación del ADN a lo largo del desarrollo y durante la infección de distintas plantas hospedantes. Rootline Genomics es la forma en que pongo esa experiencia al servicio de otros laboratorios.
Enfoque
Genómica de plantas y bioinformática
Sistemas
Oomicetos, patógenos vegetales, genomas de plantas
Herramientas
Python · R · línea de comandos · HPC
En los últimos años he trabajado de forma práctica a lo largo del flujo de trabajo genómico: ensamblando y anotando genomas a partir de datos de Illumina, PacBio y Oxford Nanopore; analizando transcriptomas y RNA pequeños; llamando metilación del ADN desde bisulfito, EM-seq y señal de Nanopore; y realizando análisis de metabarcoding y filogenética. Trabajo principalmente en Python y R, en entornos de línea de comandos y cómputo de alto rendimiento (HPC).
Inicié Rootline Genomics para dar a los grupos de investigación acceso directo a esa experiencia, sin la carga de contratar y capacitar. Me importa que los análisis sean biológicamente sólidos, estadísticamente defendibles y comunicados con claridad. Ya sea que necesites un par de manos expertas, un recurso genómico completo o ayuda para llevar un conjunto de datos a un manuscrito, el objetivo es el mismo: resultados que tu laboratorio pueda respaldar.
En qué me especializo
Áreas en las que trabajo a diario.
Genomas de plantas y anotación
Ensamblaje y anotación basada en evidencia de genomas vegetales y microbianos.
Epigenómica y metilación
Metilación de citosinas a partir de bisulfito, EM-seq y Nanopore.
Transcriptómica hospedante-patógeno
RNA-seq dual y series temporales que revelan cómo se desarrolla la infección.
Metabarcoding y códigos de barras
Perfilado de comunidades por amplicones y evaluación de marcadores / primers.
RNA pequeño y biología de RNAi
Dinámica de siRNA, diseño de RNAi y análisis de secuenciación de RNA pequeño.
Formación
2022 – 2026
Doctorado en Ciencias Biológicas
UNAM · ENES, Morelia / León
Epigenómica de Phytophthora capsici durante el desarrollo y la infección del hospedante. Asesor: Dr. Julio César Vega Arreguín.
2020 – 2022
Maestría en Biotecnología de Plantas
Cinvestav Irapuato
Silenciamiento por RNA y depósito de calosa en plasmodesmos en tabaco durante la recuperación de la infección por TEV. Asesora: Dra. Laura Silva Rosales.
2016 – 2020
Licenciatura en Ciencias Agrogenómicas
UNAM
Titulación con mención honorífica.
Experiencia y servicio
2025
Investigador visitante
The Ohio State University · CFAES
Investigación en metabarcoding de ADN vegetal (WeedsWatch); contribución a dos propuestas de investigación USDA-AFRI.
2023 – 2024
Docencia
UNAM
Ayudante de profesor en Biología Molecular y Fitopatología; profesor de Bioética, Bioseguridad y Legislación.
2019 – 2025
Miembro
Sociedad Mexicana de Virología
Membresía profesional y presentaciones en congresos.
Publicaciones seleccionadas
Trabajo revisado por pares.
2026
Primer autor
SIREN: Suite for intelligent RNAi design and evaluation of nucleotide sequences
Vargas-Mejía P, Vega-Arreguín JC · Bioinformatics Advances
2026
Primer autor
Adaptive transcriptional strategies underpin host-specific virulence of the generalist oomycete Phytophthora capsici during early crown infection
Vargas-Mejía P, Segura LS, Rojas-Rojas FU, Shimada-Beltrán H, Vega-Arreguín JC · Microbial Pathogenesis
2026
Phytophthora root rot induces compositional and functional changes in avocado rhizosphere bacterial communities
Alfaro-García RG, Vargas-Mejía P, et al. · FEMS Microbes
2023
Identification and management of tomato brown rugose fruit virus in greenhouses in Mexico
Vargas-Mejía P, et al. · Archives of Virology
2022
Differential expression between a tolerant and a susceptible maize line in response to Sugarcane mosaic virus infection
Rodríguez-Gómez G, Vargas-Mejía P, Silva-Rosales L · Viruses
2020
Primer autor
Differential accumulation of innate- and adaptive-immune-response-derived transcripts during antagonism between papaya ringspot virus and papaya mosaic virus
Vargas-Mejía P, et al. · Viruses
2024
Preprint
Callose deposition at plasmodesmata suggests a role in viral movement restriction in transgenic tobacco during recovery from Tobacco etch virus infection
Vargas-Mejía P, et al. · bioRxiv
Habilidades y métodos
Las herramientas que aporto a un proyecto.
Genómica y ensamblaje
Ensamblaje y curación (Illumina · PacBio · Nanopore)Anotación estructural · funcional · de repetidosGenómica comparativa y filogenética
Transcriptómica y epigenómica
RNA-seq y expresión diferencialRNA pequeño y metatranscriptómicaMetilación del ADN (bisulfito · EM-seq · Nanopore)
Amplicones, poblaciones y diseño
Metabarcoding y códigos de barras de ADNGenotipado por secuenciación (GBS)Diseño de RNAi / siRNA
Cómputo y laboratorio
Python (principal) y RLínea de comandos y HPCPreparación de bibliotecas y secuenciación (Nanopore · Illumina)Extracción de ácidos nucleicos y cromatina
Hablemos de tus datos.
Si tu proyecto se relaciona con lo que hago, con gusto lo conversamos.