Servicios
Lo que puedo hacer por tu laboratorio.
Consultoría a lo largo del flujo de trabajo en genómica y bioinformática, del dato crudo al manuscrito. Los proyectos van desde un análisis puntual o la revisión de un ensamblaje hasta un recurso genómico completo. Cada proyecto termina con resultados interpretados, métodos documentados y figuras que puedes usar.
S01
Ensamblaje y revisión de pulido de genomas
Evalúo y mejoro un borrador, o ensamblo desde lecturas crudas. Reviso contigüidad, completitud y exactitud de bases, identifico qué limita la calidad y pulo o re-escafoldeo hasta una referencia que puedas anotar y comparar con confianza.
Entregables
- Informe de QC: contigüidad, BUSCO, QV
- Ensamblaje pulido / curado
- Cribado de contaminantes y organelos
- Memorando de recomendaciones
Ejemplos de proyectos
- Ensamblaje de novo con Nanopore + Illumina
- Rescate de un borrador fragmentado
- Revisión de ensamblaje con fases (haplotipos)
Tú aportas
- Lecturas crudas o ensamblaje existente
- Detalles de plataforma y cobertura
- Tamaño del genoma / ploidía, si se conoce
S02
Anotación de genomas (estructural)
Predecir dónde están los genes. Construyo anotaciones estructurales basadas en evidencia de RNA-seq y proteínas, con modelos génicos confiables para todo lo que sigue.
Entregables
- Modelos génicos en GFF3
- FASTA de transcritos y proteínas
- QC de anotación (BUSCO de proteínas, estadísticas)
- Pistas listas para navegador
Ejemplos de proyectos
- Primera anotación de un genoma nuevo
- Re-anotación con RNA-seq adicional
- Transferencia de anotaciones entre ensamblajes
Tú aportas
- Ensamblaje
- Lecturas de RNA-seq, si hay
- Proteínas de especies cercanas, si están disponibles
S03
Anotación funcional
Decir qué hacen los genes. Asigno funciones putativas, dominios, rutas y familias génicas, con atención a las categorías que importan para tu biología, como efectores, CAZymes o genes de resistencia.
Entregables
- Tablas funcionales: GO, KEGG, Pfam/InterPro
- Conjuntos génicos de interés curados
- Resumen de funciones enriquecidas
Ejemplos de proyectos
- Catálogo de efectores y CAZymes de un patógeno
- Inventario de genes NLR / R en un hospedante
- Clústeres de metabolitos secundarios
Tú aportas
- Modelos génicos o proteínas
- Las categorías funcionales que te interesan
S04
Anotación de repetidos
Mapear el paisaje repetitivo. Identifico y clasifico elementos transponibles y repetidos, algo esencial para una anotación génica limpia y para entender el tamaño y la evolución del genoma.
Entregables
- Biblioteca de repetidos de novo
- Ensamblaje enmascarado
- Clasificación y panorama de ET
- Informe de contenido repetitivo
Ejemplos de proyectos
- Anotación de ET de un genoma nuevo
- Contenido repetitivo entre aislados
- Resolución de problemas de ensamblaje por repetidos
Tú aportas
- Ensamblaje
- Bibliotecas de repetidos existentes, si hay
S05
Genómica comparativa
Poner tu genoma en contexto. Comparo genomas para encontrar ortólogos, sintenia, expansiones y contracciones de familias génicas y rasgos específicos de linaje, base para la interpretación evolutiva y funcional.
Entregables
- Análisis de ortología y sintenia
- Dinámica de familias génicas
- Árboles filogenómicos
- Figuras: dotplots, árboles, UpSet
Ejemplos de proyectos
- Pangenoma de aislados cercanos
- Sintenia dentro de un clado
- Expansión de una familia asociada a virulencia
Tú aportas
- Genomas / anotaciones a comparar
- La pregunta comparativa
S06
RNA-seq y transcriptómica
Saber qué se expresa, y cuándo. Realizo análisis de expresión diferencial y de coexpresión, incluyendo RNA-seq dual hospedante-patógeno y series temporales, y los traduzco en hallazgos biológicos claros.
Entregables
- QC y alineamiento
- Conteos normalizados y tablas DE
- Análisis de enriquecimiento
- Figuras: volcano / MA / heatmap
Ejemplos de proyectos
- Respuesta del hospedante en distintos tiempos de infección
- Programas del patógeno por tejido
- Tratamiento vs control con réplicas
Tú aportas
- Lecturas crudas + metadatos de muestras
- Referencia o ensamblaje
S07
Metilación del ADN y bases modificadas
Leer el epigenoma. Analizo metilación de citosinas a partir de bisulfito / EM-seq y la señal de bases modificadas de Nanopore, con perfiles por contexto (CpG / CHG / CHH) y metilación diferencial.
Entregables
- Llamado de metilación por contexto
- Tablas de DMR
- Metaplots y perfiles de todo el genoma
- Comparación entre plataformas + métodos
Ejemplos de proyectos
- Metiloma en distintas etapas del desarrollo
- DMR durante la infección
- Concordancia bisulfito vs Nanopore
Tú aportas
- Lecturas: bisulfito / EM-seq o Nanopore
- Referencia / ensamblaje
- Diseño experimental
S08
Metabarcoding y evaluación de marcadores
Saber qué hay en la muestra. Construyo pipelines de amplicones (ASV / OTU), asigno taxonomía y evalúo marcadores, primers y bases de datos de referencia para que el diseño de tu muestreo sea defendible.
Entregables
- Tablas de ASV / OTU
- Asignación taxonómica
- Figuras de diversidad y composición
- Informe de evaluación de marcadores / primers
Ejemplos de proyectos
- Metabarcoding de ADN vegetal en muestras mixtas
- Comparación de primers para un grupo objetivo
- Perfilado de comunidades de rizosfera
Tú aportas
- Lecturas de amplicones
- Información de marcadores / primers
- Metadatos de muestras
S09
Pipelines bioinformáticos a medida
Hacerlo reproducible y repetible. Construyo pipelines documentados y parametrizados para tus análisis recurrentes, para que tu laboratorio pueda re-ejecutarlos mucho después de terminado el proyecto.
Entregables
- Pipeline versionado y documentado
- Archivos de entorno / configuración
- Documentación de uso
- Sesión de entrega
Ejemplos de proyectos
- Flujo estandarizado de ensamblaje a anotación
- Pipeline de RNA-seq para todo el laboratorio
- Pipeline de metilación reutilizable
Tú aportas
- Datos representativos
- Entorno de cómputo objetivo (HPC / nube / local)
S10
Figuras y métodos listos para publicar
Llevar el manuscrito hasta la meta. Produzco figuras claras y consistentes y redacto las secciones de métodos y análisis, para que tus resultados sean reproducibles y estén listos para revisión.
Entregables
- Figuras vectoriales / de alta resolución
- Leyendas de figuras
- Texto de métodos y material suplementario
- Código de figuras reproducible
Ejemplos de proyectos
- Paquete de recurso / anuncio de genoma
- Renovación de figuras para una revisión
- Métodos para un artículo multiómico
Tú aportas
- Resultados / datos finales
- Estilo de la revista objetivo
- Fechas límite
¿No sabes cuál de estos necesitas?
La mayoría de los proyectos combinan varios. Describe tus datos y tu objetivo, y te propongo un alcance.